Vùng đô thị Melbourne không có một cơ quan chính phủ cai trị toàn bộ. Người dân trực tiếp bầu ra một đô trường Melbourne, hiện tại là ông Robert Doyle, và cũng chọn bầu ra Hội đồng thành phố Melbourne, nhưng những người này chỉ chịu trách nhiệm cho Thành phố Melbourne, bao gồm vùng thương mại trung tâm và vài vùng ngoại ô phía trong. Tuy nhiên ông đô trưởng thường được xem là đại diện của toàn bộ thành phố.

Phần còn lại của thủ phủ được chia làm 30 đô thị tự trị, tất cả đều được gọi là những thành phố (city), ngoại trừ 5 đô thị ở vùng ven của Thành phố được gọi là quận (shire). Những đô thị này đều có hội đồng được cử ra để chịu trách nhiệm về những chức năng được ủy thác cho họ bởi chính phủ bang Victoria. Những chức năng này bao gồm quy hoạch, thu gom rác, làm vệ sinh các bãi tắm, công viên và vườn tược, chăm sóc trẻ em và nhà trẻ, các lễ hội địa phương và các hoạt động văn hóa, chăm sóc người cao tuổi, giám sát sức khỏe cộng đồng, hệ thống vệ sinh và những vấn đề tương tự. Tiền thuế thu được từ người dân được chi tiêu cho các hoạt động này. Hội đồng được đại diện chung bởi Hiệp hội chính phủ địa phương bang Victoria (Local Government Association of Victoria).

Phần lớn những hoạt động của chính quyền thành phố được chính quyền bang Victoria kiểm soát. Những hoạt động này bao gồm vận tải, quản lý các đường chính, điều khiển giao thông, các chính sách, giáo dục trên mức mẫu giáo, việc hoạch định các dự án lớn. Bởi vì ba phần tư dân số của bang Victoria sống ở Melbourne, chính quyền bang đã có truyền thống miễn cưỡng trong việc cho phép phát triển hệ thống chính quyền thành phố, vì đây là việc ảnh hưởng đến sự sống còn của chính quyền bang. Vì lý do trên, Ban việc làm Melbourne và Vùng thủ phủ được thành lập năm 1992 đã trở nên một cơ quan quyền lực tự trị hùng mạnh.